O IEM é uma entidade independente e autônoma de direito privado, com fins lucrativos, que tem como objeto promover desenvolver projetos, a pesquisa e o treinamento nas diversas áreas afetas à navegação, portos e hidrovias, quais sejam a regulação da navegação, a infraestrutura e a tecnologia portuária, a construção naval, o meio ambiente e a logística do transporte aquaviário marítimo e fluvial.

O IEM também promove eventos (congressos, fóruns, simpósios e seminários), cursos (intensivos e extensivos), "workshops" e treinamentos em parceria com instituições de ensino superior, escolas de magistratura, empresas de administração portuária, empresas de navegação, de exportação e de logística, inclusive na modalidade "in company", além de fomentar a pesquisa, através de grupos de estudo voltados a temas de interesse público e privado.

O IEM escolheu como cor predominante de sua bandeira (marca) o "encarnado", sinônimo de "vermelho": a cor utilizada para pintar a carena, a quilha, o leme, enfim a cor que marca as "obras vivas", a linha d´água ou marca de calado de um navio.

O encarnado traduz flutuabilidade, elemento essencial da navegabilidade, além de ser a cor da luz de navegação de bombordo: o "bordo bom, o lado bom, o lado do coração".